Shao es hijo de uno de los dioses antiguos y hermanos de el Dios Riden, originalmente fue el consejero y asesor militar de Onaga mientras este gobernaba el Reino del Outworld como el Rey Dragón. El Imperio de Onaga se había vuelto el más poderoso de todos los reinos y buscó una forma de ser inmortal. Antes de que pudiera alcanzar su meta, el consejero Shao ansiando tener más poder del que poseía envenenó a Onaga y tomó su reino. Dirigiendo a las tropas que permanecieron leales al Rey Dragón, el nuevo Kahn continuó muchos de los planes del antiguo emperador. Con el tiempo, Shao Kahn continuó agregando reinos menores al Mundo Exterior, a través de conquista directa o través de Mortal Kombat. Unos de sus grandes logros militares fueron la fusion de Edenia con Outworld. Después de que sus guerreros ganaron en Mortal Kombat, Shao invadió el reino y mató al Rey Jerrod, en el campo de batalla, luego tomó a la Reina Sindel como su esposa, criando a su hija, la Princesa Kitana, como si fuera su propia hija. Hizo que la entrenaran como su guardia personal y una asesina. Sindel se suicidó en un intento de escapar de su Emperador. Dispuesto a no ser negado, Kahn mantuvo su alma en El Mundo Exterior, evitando su transición al más allá. También conquistó Zaterra y otros reinos menores, En sus conquistas Shao Kahn busca respeto, poder y riquezas, para ser reconocido como el emperador de todos los reinos y que nadie lo desafíe.